2010年学院依托临床医学硕士学位点招收硕士研究生，2014年获口腔医学硕士专业学位研究生培养资格以及专业学位硕士授予权，2015年开始招收口腔医学专业学位硕士研究生，2018年通过口腔医学专业学位授权点专项评估。截止2022年9月，学院已培养硕士毕业研究生67人，目前在读研究生88人。

 2015年开始学院实行研究生培养与住院医师规范化培训并轨，课程设置为公共学位课3门、专业学位课3门、必修课2门以及住院医师规范化培训公共科目等；现有口腔医学研究生规范化培训基地4家。研究生在校期间考核通过并获得《口腔执业医师资格证书》及《住院医师规范化培训合格证书》比例100%，毕业研究生就业率100％。

学院研究生近三年来参加国内、外学术交流会议158余人次，其中出境交流研究生1人次，出国境在线交流43人次，在国际性学术会议上以壁报或大会发言形式进行学术交流12人次。近三年来硕士研究生发表代表性学术论文52篇，专利获评7项，口腔专业类竞赛获奖7项。多名学生获得国家奖学金、获评浙江省优秀毕业生。

学院积极鼓励和指导研究生申请、攻读国内、外高等学府的博士研究生，包括入学全球牙科学排名第2的荷兰阿姆斯特大学/自由大学口腔医学中心（ACTA）博士研究生3人，包括荷兰政府奖学金1人，中国国家留学基金委奖学金2人，另有3人分别就读日本东北大学、上海复旦大学和武汉大学博士研究生。